美國人腸道微生物計劃（American Gut Project）是由Rob Knight博士和Jeff Leach博士於2012年共同發起的一項腸道菌研究計畫，計畫採用群眾募資的方式讓大眾參與，這也是目前世界上最大的群眾募資公民科學項目（Citizen Science）。
截至2017年初，共獲得來自10,000多名參與者超過200萬美元的捐款。美國人腸道微生物計劃的目的是希望讓參與者了解自己體內的微生物，同時藉由群眾募資的力量完成大規模的腸道菌資料庫，除了可定義健康人的腸道菌組成，亦可提供研究人員從科學的角度探索腸道菌與飲食、生活方式、環境、壓力、疾病等之間的關聯。
然而，如同各個人種之間的基因有所差距一樣，腸道菌的組成也會受到各地飲食，環境等多種因素的影響而有變化，各個國家的健康腸道菌可能會有不同的標準。因此，實施在地的腸道菌研究計畫是有其必要性，也因此催生出了此次的產學合作的Taiwan Gut計畫團隊。
計畫甫成立之初，團隊成員曾考慮直接與American Gut計劃合作，並於2017年1月遠赴加州大學聖地牙哥分校與American Gut的計畫專案經理Embriette Hyde博士進行了深度討論，希望藉由American Gut的高知名度與學術能量將此有意義的研究在台灣開展起來。
Embriette Hyde博士表示：目前美國人腸道計劃有三種海外合作模式。
海外收樣點模式(The aggregation site model)、姊妹計劃模式(The sister project model)與獨立關聯計劃模式(The independent affiliate model)。目前美國人腸道計畫的海外合作都是以海外收樣點模式進行，包括了英國與新加坡等地，可開始合作的時間會比較快，但由於除了需要腸道菌解碼的費用之外，國際快遞的費用也所費不貲，而且所有的步驟都需要在美國進行，因此目前海外實施的計畫成效還不明顯。
Embriette Hyde博士也介紹了在亞洲的聯繫人，同時也是亞洲益菌中心的Jonathan討論如何在台灣進行此計畫，於是團隊成員在4月的時候再度走訪了位於香港的亞洲益菌中心，討論目前在香港與新加坡與美國人腸道計劃的合作狀況也邀請Jonathan來台灣一同討論研究。
從方案層面考量，American Gut團隊認為最合適台灣與美國人腸道計劃合作的模式應是獨立關聯計劃模式，因為此種模式能夠更好的透過計劃執行的過程中，建立台灣本地的腸道菌定序, 分析, 與溝通等不同階段的經驗，對未來的研究更有助益。但從執行層面考量，若要採此合作計劃模式，一方面需要修改加州大學聖地牙哥分校的人體試驗審議重新送審之外，同時美國人腸道計畫也不提供參與者的微生物測試服務，不會提供如何根據分析結果做調節干預的飲食或生活建議，最重要的是，此模式雙方進行的團隊與流程方法將會需要長時間的討論，會非常的曠日費時。幾經考量之後，團隊成員最終決定依靠我們自己的力量啟動專屬台灣人的腸道公民科學計畫，並於2017年9月30日正式發表，透過在地定序及分析，並提供參與者自身腸道菌相組成、有益菌及致病菌、疾病風險評估、飲食或營養補充品等建議的評估報告等，期望順利完成計畫讓台灣的腸道菌研究與國際接軌。
台灣腸道公民科學計畫
Taiwan Gut
圖：American Gut團隊實驗室
American Gut官網：http://americangut.org/
American Gut影片：https://www.youtube.com/watch?v=b4Oq0Mgghf0&t=108s